海口海事局内设办公室、财务会计处、人事教育处、通航管理处（指挥中心）、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、执法督察处、装备信息处、党群工作部（纪检监察处）等10个内设机构；船舶交通管理中心、海巡执法支队、政务中心等3个处室办事机构，海口港区海事处、海口新港海事处、海口马村海事处、海口新海海事处等4个派出机构。

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